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截至2017年5月，南方科技大学设置了14个院系，开设了22个专业。
| 院系 | 专业 |
| 南方科技大学数学系 | 金融数 学数学与应用数学 统计学 |
| 南方科技大学物理系 | 物理 学应用物理学 |
| 南方科技大学化学系 | 化学 |
| 南方科技大学生物系 | 生物信息 生物技术 生物科学 |
| 南方科技大学电子与电气工程系 | 通信工程 微电子科学与工程 光电信息科学与工程 信息工程 |
| 南方科技大学材料科学与工程系 | 材料科学与工程 |
| 南方科技大学金融数学与金融工程系 | 金融学 金融工程 |
| 南方科技大学环境科学与工程学院 | 环境科学与工程 水文与水资源工程 |
| 南方科技大学海洋科学与工程系 | 无 |
| 南方科技大学力学与航天航空工程系 | 理论与应用力学 |
| 南方科技大学机械与能源工程系 | 机械工程 |
| 南方科技大学计算机科学与工程系 | 计算机科学与技术 |
| 南方科技大学生物医学工程系 | 生物医学工程 |
| 南方科技大学地球与空间科学系 | 无 |
截至2018年5月，南方科技大学已签约引进教师约300人，其中90%以上拥有海外工作经验，60%以上具有在世界排名前100名大学工作或学习的经历。其中包括院士23人，万人计划入选者6人、教育部“长江学者”17人、“国家自然科学基金杰出青年基金”获得者15人、“国家优秀青年科学基金”获得者5人。
| 姓名 | 职称 | 类别 | 院系 |
| 陈十一 | 中国科学院院士 | 讲座教授、校长 | 力学与航空航天工程系 |
| 刘科 | 澳大利亚院士 | 讲座教授 | 化学系 |
| 唐叔贤 | 中国科学院院士 第三世界科学院院士 | 长期杰出访问教授 | 物理系 |
| 杨焕明 | 中国科学院院士 | 长期杰出访问教授 | 生物系 |
| 支志明 | 中国科学院院士 | 长期杰出访问教授 | 化学系 |
| 陈和生 | 中国科学院院士 | 长期杰出访问教授 | 物理系 |
| 俞大鹏 | 中国科学院院士 | 讲座教授 | 物理系 |
| 陈晓非 | 中国科学院院士 | 讲座教授 | 地球及空间科学系 |
| Dinshaw J Patel | 美国人文与科学院院士 | 讲座教授 | 生物系 |
| 倪晋仁 | 中国科学院院士 | 长期访问杰出教授 | 环境科学与工程学院 |
| 邓兴旺 | 美国科学院院士 | 长期访问杰出教授 | 生物系 |
| 王世全 | 欧洲科学院院士 | 长期访问杰出教授 | 数学系 |
| 姚建铨 | 中国科学院院士 | 长期访问杰出教授 | 工学院 |
| 徐政和 | 加拿大工程院院士 | 讲座教授 | 材料科学与工程系 |
| 姓名 | 职称 | 院系 |
| 霍剑青 | 教授 | 物理系 |
| 姓名 | 职务 | 院系 | 入选时间 | 入选类型 |
| 陈十一 | 讲座教授 | 力学与航空航天工程系 | 1998年 | 长江特聘教授 |
| 陈永顺 | 讲座教授 | 海洋科学与工程系 | 2001年 | 长江特聘教授 |
| 汤涛 | 讲座教授 | 数学系 | 长江讲座教授 | |
| 夏志宏 | 讲座教授 | 数学系 | 2001年 | 长江讲座教授 |
| 张绪穆 | 讲座教授 | 化学系 | 2005年 | 长江讲座教授 |
| 吴传跃 | 讲座教授 | 生物系 | 2006年 | 长江讲座教授 |
| 何佳 | 讲座教授 | 金融数学与金融工程系 | 2008年 | 长江讲座教授 |
| 汤涛 | 讲座教授 | 数学系 | 2006年 | 长江讲座教授 |
| 郭红卫 | 讲座教授 | 生物系 | 2006年 | 长江特聘教授 |
| 俞大鹏 | 讲座教授 | 物理系 | 2005年 | 长江特聘教授 |
| 程涛 | 讲座教授 | 医学院（筹） | 2007年 | 长江特聘教授 |
| 陈晓非 | 讲座教授 | 地球及空间科学系 | 2000年 | 长江特聘教授 |
| 姚新 | 讲座教授 | 计算机系 | 2005年 | 长江讲座教授 |
| 姓名 | 职位 | 所在院系 | 入选时间 |
| 张绪穆 | 讲座教授 | 化学系 | 2000年 |
| 陈永顺 | 讲座教授 | 海洋科学与工程系 | 2002年 |
| 汤涛 | 讲座教授 | 数学系 | 2008年 |
| 李海龙 | 教授 | 环境科学与工程学院 | 2010年 |
| 夏志宏 | 讲座教授 | 数学系 | 1998年 |
| 郭红卫 | 讲座教授 | 生物系 | 2006年 |
| 程涛 | 讲座教授 | 医学院（筹） | 2008年 |
| 刘俊国 | 教授 | 环境科学与工程学院 | 2016年 |
| 陈晓非 | 讲座教授 | 地球及空间科学系 | 1996年 |
| 郑春苗 | 讲座教授 | 环境科学与工程学院 | 2006年 |
| 刘青松 | 教授 | 环境科学与工程学院 | 2011年 |
| 姚新 | 讲座教授 | 计算机系 | 2006年 |
| 倪普仁 | 长期访问杰出教授 | 环境科学与工程学院 | 1996年 |
| 宋学军 | 教授 | 医学院 |
| 姓名 | 职位 | 所在院系 | 入选时间 |
| 李闯创 | 副教授 | 化学系 | 2015年 |
| 吴长锋 | 教授 | 生物医学工程系 | 2012年 |
| 张国庆 | 副教授 | 材料科学与工程系 | 2016年 |
| 张作泰 | 副教授 | 环境科学与工程学院 | 2015年 |
| 郑一 | 副教授 | 环境科学与工程学院 | 2016年 |
| 姓名 | 人才类型 | 所在院系 |
| 李凤亮 | 国家百千万人才工程*人选 | 人文中心 |
| 张健 | 国家百千万人才工程*人选 | 医学院 |
| 李闯创 | 中组部中青年科技创新领军人才 | 化学系 |
| 刘青松 | 中组部中青年科技创新领军人才 | 环境科学与工程学院 |
| 刘俊国 | 青年拔尖人才 | 环境科学与工程学院 |
| 姓名 | 职称 | 所在院系 | 入选时间 |
| 陈跃红 | 讲座教授 | 人文中心 | 2015年 |
| 程涛 | 讲座教授 | 医学院（筹） | 2013年 |
| 胡清 | 教授 | 环境科学与工程学院 | 2013年 |
| 李凤亮 | 教授 | 人文中心 | 2016年 |
| 梁建生 | 教授 | 生物系 | 2013年 |
| 张健 | 教授 | 医学院 | 2014年 |
| 姓名 | 职位 | 所在院系 | 入选时间 |
| 陈永龙 | 副教授 | 生物系 | 2009年 |
| 汪涛 | 副教授 | 生物系 | 2003年 |
| 刘青松 | 教授 | 海洋科学与工程学院 | 2007年 |
| 梁建生 | 教授 | 生物系 | 2012年 |
在本科教学方面，学校坚持“拓宽（专业）口径、强化（学科）基础、鼓励（学科）交叉、多次选择（专业）”的原则，让学生掌握学术领域的研究方法和思想体系，具有合理的知识和能力结构；为学生接触学科（领域）前沿研究成果及参与某学科领域前沿研究搭建平台。本科人才培养采取“2+2”培养模式，即大学*、二学年不分专业，实行通修通识教学，强化学科基础和人文知识，大学第三年学生可根据自身的特长和发展要求选择主修专业。
南方科技大学以学分制、导师制、书院制为基础，以人才培养的个性化、小班化、国际化为特色，通过人才培养体系，培养人格健全、基础扎实、能力突出、具有国际视野、社会责任感、创新精神和实践能力的高素质人才。
2007年3月，在深圳市第四届人民代表大会第三次会议上，《政府工作报告》中决定筹建南方科技大学。
2007年4月，深圳市政府组建南方科技大学筹建工作办公室，开展筹建前期工作。
2007年6月，深圳市政府首次向广东省 提交筹建南方科技大学申请。
2008年3月，深圳市机构编制委员会下发《关于成立南方科技大学筹备办的通知》，筹备办负责学校批准设立和招生办学前的各项筹备工作。
2008年7月，深圳市成立南方科技大学（筹）创校校长遴选委员会和校长招聘工作小组。
2009年6月，深圳市委常委会议同意聘任朱清时院士为南方科技大学（筹）创校校长。
2010年1月，南方科技大学全面接收原南开大学深圳金融工程学院作为启动校区。
2010年9月，南方科技大学校园建设项目首期工程正式破土动工。
2010年12月，教育部向广东省人民政府下发《教育部关于同意筹建南方科技大学的通知》，同意筹建南方科技大学，学校代码为14325，筹建期为三年。
2011年2月，南方科技大学正式开学，首届45名教改实验班的学生入校就读。
2011年3月20日，“南方科技大学春季开学典礼”在深圳南方科技大学本校举行，首批自主招生的45名学生及学生家长、有关领导以及特别邀请的专家学者200余人出席了典礼仪式。
2011年9月，南方科技大学致仁书院举行揭牌仪式。
2011年12月，南方科技大学教育基金会*届理事会*次会议成功召开，标志着南方科技大学教育基金会正式成立。
2012年2月，南方科技大学首届顾问委员会成立，由杨祖佑、何志明、戴聿昌、陈刚、张翔五位*学术权威担任委员。
2012年4月，教育部同意建立南方科技大学，并在《关于同意建立南方科技大学的通知》中明确要求南方科技大学“不断探索具有中国特色的现代大学制度，探索创新人才的培养模式”。
2012年5月，《教育部办公厅关于南方科技大学2012年本科招生试点方案的批复》正式下达，同意南方科技大学按照“6+3+1”模式进行招生。
2012年7月，南方科技大学从全国8个省共录取新生188人，新生高考平均成绩超出一本分数线69.475分，已经达到985高校的中上游水平。
2015年9月14日，广东省教育厅与深圳市政府在广州签署《共建南方科技大学协议》，南科大成为首批广东省高水平理工科大学共建院校，深圳市将南科大建设高水平理工科大学作为深圳市委市政府的重点工作，支持南科大高层次人才引进，建设研究生联合培养基地等。
2013年7月，南方科技大学开始迁入新校区。
2013年9月，南方科技大学树仁书院成立。
2013年10月，南方科技大学举行党员干部大会，正式成立中国共产党南方科技大学委员会和南方科技大学纪律检查委员会，撤销中国共产党南方科技大学（筹）临时委员会。
2014年1月，南方科技大学与正威国际集团签署战略合作协议，获500万元捐款、1亿元技术产业投资基金。
2014年1月，李铭同志出任中共南方科技大学党委委员、书记。
2014年6月，深圳市政府与联合国教科文组织签署合作谅解备忘录，将在深圳设立教科文组织的二类教育中心，二类教育中心将设在南科大。
2014年7月，8所在深高校在南方科技大学举行签字仪式，联合倡议发起成立“深圳国际友好城市大学联盟”。
2014年11月，“深圳国际友好城市大学联盟”在五洲宾馆召开成立大会，首批来自13个国家的28所高校加盟，发表共同宣言，努力成为世界高等教育合作与交流典范。
2015年1月，南方科技大学团委成立。
2015年1月，中国科学院院士、北京大学原副校长陈十一出任南方科技大学第二任校长。
2015年5月，深圳与联合国教科文组织签署信托基金协议，拟依托南科大设立高教创新中心。
2015年9月，广东省政府在广州举行广东省高水平理工科大学共建协议签署仪式，标志着南科大正式进入广东省高水平（理工科）大学建设行列。
2016年，南科大与香港大学、香港科技大学、新加坡国立大学、美国天普大学、哈尔滨工业大学等著名高校联合培养的277名研究生入学。
2016年6月，南方科技大学成立生物医学工程系。
2016年7月，南方科技大学2016年毕业典礼暨学位授予仪式举行。
2016年7月，南方科技大学与约翰·霍普金斯大学签订合作协议，共同筹备南方科技大学医学院； 南方科技大学航空航天学院落户台州无人机航空小镇。
2016年7月，南方科技大学2016年自主招生录取工作顺利结束，共录取新生994人，并首次招录7名国际学生，在建校历史上实现了国际生源零的突破。
2016年8月，南方科技大学成立计算机科学与工程系。
2016年9月，南方科技大学举行2016年开学典礼。在校生已达到3228人，其中本科生2927人，留学生7人，硕士研究生164人，博士研究生130人。到2020年，学校将有在校生8000人，其中本科生4000人，研究生4000人。未来将每年招收1000名本科生、1000名研究生，稳定保持在校生将近1万人规模。前两届毕业生中超过60%被世界名校录取，绝大多数进入博士专业学习。
2016年10月，南方科技大学与诺贝尔化学奖得主罗伯特·格拉布斯（Robert H. Grubbs）合作建立的深圳格拉布斯研究院揭牌。
2016年10月，李凤亮出任南方科技大学党委副书记。
2016年11月，联合国教科文组织总干事伊琳娜·博科娃女士来校考察，充分肯定高等教育创新中心建设工作。
2016年12月，南方科技大学设立地球空间与科学系。
2017年6月，广东省学位委员会公布了2017年博士硕士学位授予立项建设单位名单，南方科技大学入选。
2017年7月4日，南方科技大学党委书记郭雨蓉宣布将在全国*一个特别合作区——深汕特别合作区设立南方科技大学海洋学院和南方科技大学教授工作室。
2018年2月22日，南方科技大学与中国科学技术大学签署战略合作框架协议，推进双方全面战略合作。
2018年5月，南方科技大学获批博士学位授予单位，成为国内最快获得博士授权单位的高校。
2018年6月1日，南方科技大学与香港科技大学签订合作框架协议，共建的“深港微电子学院（筹）”揭牌。
2018年11月，入选广东省新一轮高水平大学建设计划中的“高水平大学重点建设高校”。
校徽：核心部分是一把火炬，象征南方科技大学的使命：为高等教育改革探索出一条新路。校徽背景为渐变的天青色，映衬火炬的照亮效果；此处的天青背景取自汝窑瓷釉，是中国传统审美文化崇尚的色彩。
校名：“南方科技大学”六个字的书法由诺贝尔奖得主李政道书写。
校名缩写：SUSTech，字首SUST与sustainability一致，符合可持续发展的理念，此组合SUSTech亦直接对应南方科技大学英文校名（Southern University of Science and Technology）。
截至2015年，南方科技大学共计发表学术论文共计823篇（期刊论文643篇、会议论文158篇、学术论著22本）；获得省部级科技奖励2项。其中2015年发表学术论文393篇（期刊论文301篇、会议论文78篇、学术论著14本），获得省部级科技奖励1项。
其中王怀清教授荣获2012年度上海市自然科学奖二等奖，这是南方科技大学*省部级科技奖励论著方面，生物系魏志毅副教授2014年在《自然》期刊发表论文《大肠杆菌中RNA指导的免疫监视复合物Cascade的晶体结构》，是南方科技大学在《自然》杂志上发表的*篇论文；郭旭岗、王冠宇、黄巍、陈意钒4名教师分别出版了学术专著；陈意钒教授作为主要撰写人之一主导制定IEEE国际标准1906.1“纳米尺度与分子通信体系架构”。
知识产权方面，自2012年以来，南方科技大学共申报专利156项；授权专利16项。其中，2013年9月3日，何祝兵副教授申报的实用新型专利“一种PECVD镀膜系统（专利号201320237404.3）”获得授权，2015年2月18日，卢周广教授申报的“一种用电解锰阳极渣制备金属掺杂的二氧化锰粉体的方法及应用”获得授权。
《自然》增刊“自然指数2016新星榜”发布，在全球100家高质量科研论文增长最显著的国家和机构中，南科大排名全球第62位，增速居全球第3位。
2012年创校以来，截至2017年底，南方科技大学先后承担国家、广东省、深圳市三级科技计划项目717项，获得经费资助共计11.97亿元。累计发表学术论文3006篇、学术论著33部，在《Science》、《Nature》等国际高水平权威刊物上发表论文10余篇，授权专利40余项。获得*科技奖励2个，省部级科技奖励2个，深圳市科技奖励4个。汤涛教授主持的项目“自适应与高精度数值方法及其理论分析”荣获2016年度国家自然科学奖二等奖；胡清教授的“流域水环境重金属污染风险防控理论技术与应用”项目荣获2017年度国家科学技术进步奖二等奖；电子与电气工程系助理教授王恺作为主要完成人之一的项目“多界面光-热耦合白光LED封装优化技术”荣获2016年度国家技术发明奖二等奖；物理系教授何佳清获2017年度教育部自然科学二等奖；环境科学与工程学院刘俊国教授获2017年度教育部青年科学奖；电子与电气工程系教授陈意钒、材料科学与工程系副教授程春、电子与电气工程系助理教授陈树明分别荣获2015、2016、2017年深圳市青年科技奖；物理系教授何佳清获2017年度深圳市自然科学奖二等奖。 2016年，爱思唯尔发布中国高被引学者榜单，陈十一校长在物理和天文领域位列第2位，俞大鹏院士位列第3位，化学系张绪穆教授在化学领域位列第13位。
2017年，南科大自然指数加权论文值在中国大学自然指数排行榜中排名第28位，2016年7月出版的《自然》杂志“自然指数2016新星榜”增刊显示，在全球100家高质量科研论文增长最显著的国家和机构中，南科大排名全球第62位，增速位居全球第3位。
科研平台研究中心
截至2015年，南方科技大学已建成四个研究中心和一个公共实验室；建成校分析测试中心；获批六个深圳市重点实验室和一个工程实验室。
| 1 | 微纳尺度科学和工程研究中心 | 电子信息、物理 | 建成 |
| 2 | 材料性质调控及应用研究中心 | 新材料 | 建成 |
| 3 | 先进电子与信息技术研究中心 | 电子信息、互联网 | 待建 |
| 4 | 机器人与人工智能研究中心 | 电子信息、先进制造、智能工程 | 待建 |
| 5 | 先进制造研究中心 | 先进制造、机械工程 | 待建 |
| 6 | 海洋研究院 | 海洋科学与工程 | 待建 |
| 7 | 航空航天研究院 | 大飞机、发动机、飞行器设计 | 待建 |
| 8 | 环境与资源综合利用研究中心 | 节能与环保、资源 | 待建 |
| 9 | 新能源研究中心 | 新能源 | 待建 |
| 10 | 未来城市研究中心 | 节能、新能源、信息、大城市 | 待建 |
| 11 | 工业设计与艺术创意中心 | 产品设计、文化创意 | 待建 |
| 12 | 生命科学研究中心 | 生物与新医药 | 建成 |
| 13 | 生物医药与工程研究中心 | 生物、材料、医疗器械 | 待建 |
| 14 | 神经与认知科学研究中心 | 脑科学与工程、心理 | 待建 |
| 15 | 健康与公共卫生研究院 | 公共卫生 | 待建 |
| 16 | 动物中心 | 生物 | 待建 |
| 17 | 大数据与大规模计算中心 | 医疗、航空航天、电子、信息等 | 待建 |
| 18 | 功能分子工程研究中心 | 新药、分子工程 | 待建 |
| 19 | 皮米尺度上的基础和应用研究中心 | 基础物理、新材料、电子信息 | 建成 |
| 20 | 软物质研究中心 | 新材料，物理学 | 待建 |
| 21 | 金融创新研究中心 | 金融 | 待建 |
| 22 | 营养与衰老研究中心 | 生命健康 | 待建 |
| 23 | 中子科学中心 | 物理、材料、电子、化学、生物 | 待建 |
| 24 | 先进光子学研究中心 | 光学、材料、电子 | 待建 |
实验室
| 重点实验室 | |
| 深圳市有机半导体印刷材料与器件重点实验室 | 深圳市土壤与地下水污染防治重点实验室 |
| 深圳市热电材料重点实验室 | 深圳第三代半导体器件重点实验室 |
| 深圳纳米压印技术重点实验室 | 深圳细胞微环境重点实验室 |
| 深圳市氢能重点实验室 | 深圳市全光谱发电材料重点实验室 |
| 城市固体废弃物资源化技术和管理重点实验室 | 深圳市电力直驱技术重点实验室 |
| 工程实验室 | |
| 深圳电磁无创医学检测工程实验室 | 深圳航空发动机3D打印粉材工程实验室 |
| 深圳海底地震仪设备与技术工程实验室 | |
学术资源
截止2016年12月底，南方科技大学馆藏中外文纸质图书总量达到209822册（中文165842册，外文43980册）、中文报刊79种、外文报刊44种。电子资源建设是图书馆馆藏发展的重点，有各类中外文数据库100个，包含电子图书433264册、电子期刊57811种，涵盖了学校教学科研和通识教育所需要的各方面文献信息资源。同时，借助 “深圳文献港”服务平台，南科大师生可以利用深圳大学城、深圳大学、深圳职业技术学院、香港中文大学（深圳）等高校图书馆以及深圳市图书馆的数百万册藏书和多种文献资源，实现文献信息资源共享。
| 职务 | 姓名 | ||
| 党委书记 | 郭雨蓉 | ||
| 校长 | 陈十一 | ||
| 党委副书记、纪委书记 | 李凤亮 | ||
| 副校长、教务长 | 吴传跃 | ||
| 副校长、研究生院院长 | 汤涛 | ||
| 党委委员、秘书长、工会主席、党政办公室主任 | 王永杰 | ||
| 副校长 | 王茤祥 | ||
| 总会计师 | 叶秦 | ||
| 协理副校长、书院总监 | 韩蔚 | ||
| 总务长 | 鲁春 | ||
| 姓名 | 任期 | 备注 |
| 朱清时 | 2009年9月2日至2014年9月1日 | 创校校长、中国科学院院士 |
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